In dat jaar vond de Slag bij Lowestoft plaats. Tijdens de gevechten sneuvelden meerdere vlagofficieren. Tromp moest toen de leiding over de vloot op zich nemen. Na de zeeslag werd hij tijdelijk belast met het opperbevel over de vloot. Na De Ruyter's terugkeer werd hij van dit bevel ontheven en onder De Ruyter geplaatst. In 1673 nam Tromp deel aan de slagen bij Schooneveld en Kijkduin. In 1674 voer hij, zonder toestemming van de Admiraliteit, met een deel van de vloot naar de Middellandse Zee. Na dit incident kreeg hij nooit meer een Nederlandse vloot onder zijn leiding.

Hij nam dienst bij de Deense koning. In 1676-1677 versloeg hij in dienst van de Deense marine de vloot van de Zweedse koning. In 1678 overleed De Ruyter, waarna Tromp de waardigheid van luitenant-admiraal-generaal kreeg opgedragen. Hij werd zo voorbestemd om opperbevelhebber van ‘s Lands Vloot te worden, maar eerst had hij nog verplichtingen elders. Tromp trad uit Deense dienst, om voor de keurvorst van Brandenburg te strijden tegen de Zweden. In 1691 werd alsnog een beroep gedaan op Tromp: hij werd benoemd tot opperbevelhebber. Er werd een vlaggenschip voor hem klaargemaakt, maar hij heeft de vloot nooit kunnen leiden. Zijn gezondheid ging plots hard achteruit, en op 26 maart 1691 overleed hij in Rotterdam.